新《水法》高度重视水资源保护，除保留并强化原《水法》有关水量保护的有关规定外，特别强调水质的管理和保护，确立了相应的法律制度。一是确立了江河、湖泊的水功能区划制度，规定水行政主管部门或者流域管理机构应当按照水功能区对水质的要求和水体的自然净化能力，核定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。二是国家建立饮用水源保护区制度，首次以水基本法的形式明令禁止在饮用水源保护区内设置排污口。三是完善了入河排污口管理制度，规定在江河、湖泊新建、改建或扩大排污口，应经有管辖权的水行政主管部门或者流域管理机构同意，由环境保护行政主管部门负责对该建设项目的环境影响报告书进行审批。四是对违反水资源保护的行为给予严厉的法律制裁，对违反规定在饮用水水源保护区内设置排污口或者擅自设置排污口的，责令限期拆除、恢复原状；逾期不拆除、不恢复原状的，强行拆除、恢复原状，并处五万元以上十万元以下的罚款。